Die Osteopathie hat dort ihre Grenzen, wo die Selbstheilungskräfte des Körpers nicht ausreichen, den Organismus gesunden zu lassen. Schwere und akute Krankheiten können begleitend behandelt werden, sie gehören aber in die Obhut eines Schulmediziners. Die Grenzen der Osteopathie liegen auch dort, wo Beschwerden nicht organisch bedingt sind. Seelische Erkrankungen und psychische Probleme gehören nicht in die Hand eines Osteopathen, obwohl sich der sanfte Hautkontakt psychisch durchaus positiv auswirken kann.
Die Osteopathie ist auch keine Notfallmedizin, die bei Herzinfarkt oder ähnlich bedrohlichen Situationen lebensrettend eingreifen kann.
Fraglich sind die Erfolge einer osteopathischen Behandlung zudem bei Schäden im neuronalen Bereich. Hier empfiehlt sich nach heutigem Erkenntnisstand die Osteopathie allenfalls als begleitende Therapie.
Verletzungen, Wunden, Brüche, Verbrennungen müssen erst einmal schulmedizinisch behandelt werden.
Infektionen, etwa bakteriell bedingte Entzündungen von Organen, sollten nicht osteopathisch behandelt werden. Bei der Manipulation besteht sonst das konkrete Risiko einer Verbreitung der Infektion.
Fremdkörper können bei einer osteopathischen Behandlung unter Umständen innere Verletzungen nach sich ziehen. Dies gilt beispielsweise für Manipulationen der Gebärmutter, wenn die Frau eine Spirale trägt. Auch Ablagerungen im Körper, wie Thrombosen, Gallen- oder Nierensteine, können bei einer Manipulation zu »wandern« beginnen, Schmerzen hervorrufen und zu einer Gefahr werden.